รากเหง้าของศาสตร์ฮวงจุ้ยมาจากภูมิปัญญาของชาวจีนโบราณที่ใช้หลักการปรับแต่งสภาวะแวดล้อมให้เข้ากับหลักแห่งธรรมชาติเพื่อดึงเอาพลังงานด้านบวกเข้ามาส่งเสริม เปรียบเหมือนการมีธรรมชาติเป็นพวกพ้องคอยเกื้อหนุน
คำว่า "ฮวงจุ้ย" ที่คุ้นเคยกันนั้นเป็นการออกเสียงตามสำเนียงจีนแต้จิ๋ว "ฮวง" (风) คือ "ลม" และ "จุ้ย" (水) คือ "น้ำ" ส่วนในสำเนียงจีนกลางอ่านว่า "เฟิงสุ่ย" (Feng Shui) หลักฮวงจุ้ยคือการผสานพลังลมและน้ำ (ธรรมชาติ) ให้เข้ากับหลักการไหลเวียนของพลังงานแห่งจักรวาล เหมือน "หยิน" และ "หยาง" ที่ต้องอยู่ร่วมกันอย่างสมดุล ไม่เกิดความขัดแย้ง
ดังนั้นฮวงจุ้ยจึงนับได้ว่าเป็นวิทยาศาสตร์ธรรมชาติ ผู้ที่เข้าใจฮวงจุ้ยคือผู้ที่เข้าใจธรรมชาติ การปรับตัวให้เข้ากับหลักฮวงจุ้ยก็คือการปรับตัวให้เข้ากับธรรมชาติ แต่อาจจะมีการนำเรื่องของความเชื่อเข้ามาผูกโยงแล้วสร้างเป็นกุศโลบายในการปฏิบัติเพื่อไม่ให้ขัดแย้งหรือฝืนหลักธรรมชาตินั่นเอง